Nachdem Shinobi Joe Musashi das kriminelle Neo-Zeed-Syndikat besiegt hatte, konnte er erst einmal wohlverdiente Ruhe genießen. Aber jetzt hat er einen neuen Grund zur Aktivität gefunden - Vergeltung! Union Lizard, eine Organisation, die sich die Beherrschung der Welt zum Ziel gesetzt hat, machte den entscheidenden Fehler, Kato, einen guten Freund von Musashi, in New York umzubringen. Führen Sie Musashi und seinen treuen Hund durch "The Big Apple" (New York) und helfen Sie ihm zu gewinnen!

Shinobi Joe Musashi, after defeating the Neo Zeed crime syndicate, took a much-needed rest. Now, he has a new cause - revenge! Union Lizard, an organization bent on world domination, made the mistake of murdering Musashi's good friend, Kato, in New York. Guide Musashi and his faithful hound through the Big Apple and help him settle the score!