Der CIA hat ein geheimes Spezial-Team zusammengestellt., welches per Fallschirm über feindlichem Gebiet abspringen und vermißte Putties retten soll. Das Team besteht aus Super Putty und seinem ehemaligen Feind Dweezil the Ginger Cat. Sie müssen außerdem den bösen Commander, Napalm the Cat, beseitigen, der größenwahnsinnig geworden ist und sich als Gott der einheimischen Bevölkerung, den gepunkteten Fröschen, eingesetzt hat. Sie dürfen bei dieser Mission nicht versagen oder die vermißten Putties sind verloren.